出纳短款的核算如下所示：

农村合作金融机构在收付现金过程中发生短款，如当日未能查明原因和找回，应按规定报告农村合作金融机构，经批准后，会计部门编制现金付出传票。作如下会计分录：

借：其他应收款——待处理出纳短款户

贷：现金

发生短款，如系农村合作金融机构多付、少收，经深入细致地工作追回短款时，作如下会计分录：

借：现金

贷：其他应收款——待处理出纳短款户

对非责任事故发生的出纳短款，按规定的报批权限批准后，列入营业外支出科目核算。作如下会计分录：

借：营业外支出——损失款项支出户

贷：其他应收款——待处理出纳短款户