1、对于代理记账的宣传力度不够完善，造成很多中小型经济组织的代理记账，特别是广大的个体工商户，对代理记账了解不多，理解也不足。

2、对于代理记账的处理措施不是很得力。一是应该建账的而不建账的现象十分常见，二是许多受托代理记账人不具备合法的资格。这不仅仅干扰了法律的严肃性，而且容易出许多其他的问题。

3、在代理记账的法律关系中，委托人的法律地位问题一直没有得到彻底的解决，实践中争议也是很大的。

4、代理记账机构潜力没有得到充分的发挥。南通代理记账公司的数量在不断的增加，但是整体规模普遍都较小。

5、代理记账机构建设不规范。代理记账机构必须有3名及以上持有会计从业资格证的专业人员，并且代理记账业务的负责人必须具有会计师及以上专业技术资格。

6、代理记账的机构内部管理混乱。在实际执行中很多的代理记账业务操作不正规、内部的管理制度不健全的现象十分普遍，小部分的代理记账机构内部管理制度即使是制定的也是形同虚设。

7、代理记账机构执业质量很不乐观。会计核算方面还存在许多不规范的地方，一些会计核算没能以权责发生制为基础。