一、月度季度等申报：
1、 日常申报：个人独资、合伙企业投资者兴办两个或两个以上企业的，兴办的企业全部是个人独资性质的，分别向各企业的实际经营管理所在地主管税务机关申报。
2、政策依据：《国家税务总局关于印发《个人所得税自行纳税申报办法（试行）》的通知》第十一条 取得本办法第二条第二项至第四项所得的纳税人，纳税申报地点分别为： (一)从两处或者两处以上取得工资、薪金所得的，选择并固定向其中一处单位所在地主管税务机关申报。(二)从中国境外取得所得的，向中国境内户籍所在地主管税务机关申报。在中国境内有户籍，但户籍所在地与中国境内经常居住地不一致的，选择并固定向其中一地主管税务机关申报。在中国境内没有户籍的，向中国境内经常居住地主管税务机关申报。 (三)个体工商户向实际经营所在地主管税务机关申报。(四)个人独资、合伙企业投资者兴办两个或两个以上企业的，区分不同情形确定纳税申报地点： 1.兴办的企业全部是个人独资性质的，分别向各企业的实际经营管理所在地主管税务机关申报。 2.兴办的企业中含有合伙性质的，向经常居住地主管税务机关申报。3.兴办的企业中含有合伙性质，个人投资者经常居住地与其兴办企业的经营管理所在地不一致的，选择并固定向其参与兴办的某一合伙企业的经营管理所在地主管税务机关申报。
二、年终汇算清缴：
1、汇算清缴时：投资者兴办两个或两个以上企业，并且企业性质全部是独资的，年度终了后汇算清缴时，汇总其投资兴办的所有企业的经营所得作为应纳税所得额，以此确定适用税率，计算出全年经营所得的应纳税额，再根据每个企业的经营所得占所有企业经营所得的比例，分别计算出每个企业的应纳税额和应补缴税额。
2、政策依据：国家税务总局关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知：　一、关于投资者兴办两个或两个以上企业，并且企业全部是独资性质的，其年度终了后汇算清缴时应纳税款的计算问题　　投资者兴办两个或两个以上企业，并且企业性质全部是独资的，年度终了后汇算清缴时，应纳税款的计算按以下方法进行：汇总其投资兴办的所有企业的经营所得作为应纳税所得额，以此确定适用税率，计算出全年经营所得的应纳税额，再根据每个企业的经营所得占所有企业经营所得的比例，分别计算出每个企业的应纳税额和应补缴税额。计算公式如下：　　应纳税所得额=Σ各个企业的经营所得　应纳税额=应纳税所得额×税率-速算扣除数　　本企业应纳税额=应纳税额×本企业的经营所得/Σ各个企业的经营所得　　本企业应补缴的税额=本企业应纳税额-本企业预缴的税额。
三、结论：
1、一个人同时持有两家个人独资企业平时月度季度申报时可分开申报，年终汇算清缴需要汇总计算。
2、如有具体问题欢迎继续提出，一起交流探讨！